В Российской Федерации в целях содействия системной модернизации высшего профессионального образования формируется сеть федеральных университетов — проект, инициированный лично Президентом России. В настоящее время приняты решения о создании 8 университетов, включая Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта (в соответствии с ).
Согласно «федеральный университет» - это особый тип вуза, который создается в форме автономного учреждения с целью социально-экономического развития соответствующей территории (как правило, федерального округа). Федеральный университет как особый тип вуза обладает всеми возможностями обычных вузов (в том числе ведомственных) и кроме того имеет право разрабатывать собственные образовательные стандарты, что дает выход на международную аккредитацию образовательных программ и расширяет возможности экспорта образовательных услуг.
Федеральный университет получает право реализовать государственную программу развития на 10 лет (федеральный бюджет финансирует программу развития в течение первых 5 лет в сумме до 1, 0 млрд рублей в год). Программа утверждается распоряжением Правительства Российской Федерации. Программа развития федерального университета предполагает масштабные инвестиции в развитие инфраструктуры, повышение квалификации персонала, оснащение лабораторий и учебных аудиторий, совершенствование управления образовательным комплексом.
На первом этапе существующий вуз реорганизуется путем изменения его типа на автономное учреждение.
Формат автономного учреждения создает большую гибкость для университета по реализации планов развития (например, на такой университет не распространяются многие ограничения по ведению деятельности, характерные для бюджетных учреждений).
На втором этапе к реорганизованному учреждению присоединяются другие образовательные учреждения, находящиеся в ведении Российской Федерации. Вопросы присоединения к федеральному университету других государственных высших учебных заведений решается на правительственном уровне, в том числе в формате Межведомственной рабочей группы по приоритетному национальному проекту «Образование» при Комиссии при Президенте Российской Федерации по реализации приоритетных национальных проектов и демографической политике. Здесь необходимо учитывать, что у всех государственных образовательных учреждений один учредитель— Правительство России, а отдельные министерства и ведомства лишь выполняют функции учредителя.