Главные символы университета, изображенные на его логотипе, — морская волна и мост. Калининградская область развивается как один из российских полюсов интеграции в европейское социокультурное пространство, связующих экономику, политику, культуру, образование и науку России и Европейского союза.
Нарастающая морская волна символизирует приморское расположение университета, движение вперед, постоянное развитие, подчеркивает образ университетской жизни как неисчерпаемого пространства знания и стремления к социокультурному взаимопониманию в регионе Балтийского моря — одном из самых благополучных макрорегионов мира, в который входят несколько стран с самым высоким рейтингом глобальной конкурентоспособности.
Мост как символ соединения и интеграции является знаком академической мобильности и продвижения российских образовательных и инновационных технологий за рубеж на основе развития достижений отечественной высшей школы и приобщения к традициям европейского образования; мост одновременно символизирует и понимание того, что незримые нити истории связывают сегодняшний день БФУ им. И. Канта с судьбой некогда знаменитого Кёнигсбергского университета Альбертина.
Миссия университета
Идейно миссия БФУ им. И. Канта представляется в виде двух уровней: глобальная миссия университета и региональная миссия университета.
Глобальная миссия университета — формирование ведущего национального университетского центра в новых отраслях и видах деятельности, основанных на прорывных достижениях в области биомедицинских, нейро- и нанотехнологий, задающего технологические стандарты и осуществляющего подготовку высококвалифицированных кадров, конкурентоспособных на глобальном рынке труда.
Региональная миссия университета сконцентрирована на кадровом обеспечении устойчивого развития эксклавного региона России с учетом текущего (традиционного) и перспективного (развитие новых специализаций) векторов развития Калининградской области.