В 1993 году учебное заведение стало Московским государственным музыкальным колледжем (вузом), а в 1996-м его переименовали в Московский государственный институт музыки (с 1999 года – имени Альфреда Шнитке). Важным подразделением института сегодня является Шнитке-центр, в составе которого действует единственный в мире музей Альфреда Гарриевича. Здесь хранятся ноты, литература, видео- и аудиозаписи, архив статей, документальные, художественные и мультипликационные фильмы с музыкой композитора.